Jason Bourne skal redde sin eneste venn i CIA, Martin Lindros. Når de er trygt tilbake i USA etter redningsaksjonen overtaler Lindros Bourne til å være med på å spore terrorister som kjøper opp uran. Snart lider Bourne av flashbacks fra ukjente steder og hendelser. Driver noen med hjernevask av Jason Bourne?
