Kraftige, nye trusler dukker opp fra innad i galaksen i de første seks spenningsfylte episodene av sesong tre av Star Wars: The Clone Wars. I episode 1 og 2 kjemper fem klonekadetter med å fullføre opplæringen sin, mens Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi og klonesoldatene forsvarer Kamino mot et angrep. Bail Organa og Jar Jar Binks må overtale kong Katuunko til å sende hjelp til Ryloth mens Ahsoka Tano slår seg sammen med Riyo Chuchi for å redde formann Papanoidas kidnappede familie i episode 3 og 4. I episode 5 og 6 oppdager Padmé Amidala et truende komplott under et diplomatisk besøk, og Ahsoka Tano arbeider sammen med Mandalorian-kadetter for å avdekke en sammensvergelse. Intrigen er bare starten i de djerveste Star Wars-eventyrene hittil!