Året er 1725, og Isaburo Sasahara er Japans beste fekter. Men når hans sønn havner i klammeri med Isaburos godsherre og hans tidligere elsker, dømmes både Isaburo og sønnen til å begå seppuku, samuraienes rituelle selvmord. Samurai Rebellion er en historie om ære, forræderi, leiemord og selvmord. Filmen, som vant kritikerprisen ved filmfestivalen i Venezia, er en milepæl i sin sjanger og en av Kobayashis beste filmer.