Sesong 2 av "Johan Falk" fortsetter den knallharde og intenst spennende historien om politiets spesialstyrke GSI, deres infiltratører og de gangsterne innen den organiserte kriminaliteten de forsøker å bekjempe. Filmene flettes sammen, og til slutt står hele spesialstyrkens arbeid på kanten av stupet når det verst tenkelige scenariet truer Johan Falk, hans kolleger og infiltratøren Frank Wagner. Filmserien er inspirert av virkelige hendelser, forbrytelser, infiltratører og politifolk.